A atividade de produção de mudas desenvolvida pela Atlântica Simbios é orientada considerando-se plantios que recebem cerca de 1600 mudas de no mínimo 80 diferentes espécies florestais nativas por hectare num universo de mais de 850 espécies listadas pelo CERAD (Centro Especial para Restauração de Áreas Degradadas) do Instituto de Botânica do Estado de São Paulo, a coleta de sementes deve obedecer critérios técnicos que aumentem a diversidade da origem de cada espécie coletada colhendo-se sementes de diversas matrizes suficientemente distantes umas das outras evitando a obtenção de sementes de árvores irmãs onde são maiores as chances de combinação de genes recessivos que tornam as mudas produzidas mais susceptíveis a doenças e à má-formação ou desenvolvimento insatisfatório, por exemplo.
A coleta de sementes é realizada em fragmentos florestais regionais para reproduzirem indivíduos e espécies representativos da flora local, restaurando mais fielmente e mais eficientemente os ecossistemas em risco.